Program Integrasi Pendidikan Khas bagi pelajar-pelajar istimewa dalam kategori bermasalah pendengaran telah ditubuhkan pada tahun 1979. Pada awal penubuhannya, program ini telah ditempatkan di Sekolah Menengah Kebangsaan Aminuddin Baki, Jalan Abdul Samad, Johor Bahru. Dalam Pengajaran-pembelajaran serta aktiviti ko-kurikulum, bahasa isyarat komunikasi seluruh digunakan untuk interaksi dan komunikasi di antara pelajar dan guru.
Pada 1 Januari 2005, keseluruhan program termasuk pelajar-pelajar, guru-guru serta segala peralatan fizikal Unit Pendidikan Khas telah berpindah ke lokasi baru iaitu di Sekolah Menengah Kebangsaan Taman Sutera, Taman Ungku Tun Aminah, Skudai.
Para pelajar Unit Pendidikan Khas yang terdiri dari pelbagai bangsa ini diwajibkan mengganggotai Kelab Tunas Harapan iaitu sebuah Kelab yang berusaha menghasilkan pelajar yang mempunyai sekuarang-kurangnya satu kemahiran yang dapat membantu mereka di alam pekerjaan nanti. Di antara projek-projek yang telah dijalankan adalah kelas masakan untuk pelajar-pelajar Tingkatan 4 dan 5, kelas pengenalan penggunaan komputer untuk pelajar-pelajar Tingkatan 4 dan 5 serta persembahan kumpulan larian.
Di samping itu, pelajar-pelajar Unit Pendidikan Khas ini juga bergiat aktif dalam kejohanan Olahraga dan Karnival Permainan Futsal dan Bola Jaring Pendidikan Khas di peringkat Daerah (MSSD), Negeri(MSSJ) dan Kebangsaan(MSSM). Pelajar Pendidikan Khas juga telah mewakili sekolah dalam Pertandingan Bercerita Nabi dan Menulis Khat Jawi Kategori lelaki dan perempuan sempena Majlis Semarak Islam Pendidikan Khas Peringkat Negeri. Pelajar yang berjaya mendapat Johan dalam Bercerita Nabi dan Menulis Khat Jawi telah mewakili Johor ke Peringkat Kebangsaan di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur.
Pada tahun 2011, semua pelajar Unit Pendidikan Khas telah diwajibkan menyertai Unit Pakaian Seragam Pengakap dan menyertai permainan Tenpin Bowling, Badminton, Bola Sepak, Bola Jaring dan Olahraga. Sehingga 2012, warga Unit Pendidikan Khas adalah seramai 90 orang yang terdiri daripada 19 orang guru serta 81 orang pelajar. Kelas-kelas Pendidikan Khas adalah sebanyak 15 kelas iaitu Pelajar-pelajar Tingkatan 1 sehingga Tingkatan 5.
